Перегной образуют разнообразные микроорганизмы, которые обитают в почве. Это с их помощью превращаются в перегной животные и растительные остатки. Однако, получение перегноя — не просто разложение остатков многочисленными организмами. Ведь вещества, в составе перегноя, зачастую сложнее веществ, которые находятся в этих остатках. Ученые долго изучали жизнь микроорганизмов, обитающих в почве и непосредственно образование перегноя. Перегной образуется из-за воздействия на остатки двух различных групп микроорганизмов — анаэробных и аэробных.

Анаэробные группы микроорганизмов разрушают растительные остатки не в полной мере. Сложные вещества разлагаются лишь частично. В этих условиях образуется полуразложившиеся растительные остатки, например торф.

Аэробные микроорганизмы полностью и быстро разрушают остатки флоры, образуя из них отлично растворимые соли. Аэробы полностью разлагают имеющиеся в составе растений сложные соединения.

Когда эти два процесса идут врозь, образования перегноя не будет. Перегной образуется только там, где разложение остатков растений анаэробами сменяется действием аэробных микробов, когда эти процессы находятся в чередовании. Вещества, образующиеся в ходе деятельности анаэробных и аэробных микроорганизмов, вступают меж собой в новые соединения. А сами микробы тоже выделяют различные вещества в почву, и, следовательно, вместе они и образуют перегной.

Поэтому в почве, содержащей немного влаги и много воздуха, и населенной в основном  аэробными микробами, перегной получается медленно. И так же медленно перегной будет образовываться и в земле с небольшим количеством воздуха и избытком воды, населенной только анаэробами. Перегной в большом количестве накапливается лишь там, где  достаточно и воздуха и влаги.

Разные почвы различаются и по гумусному составу. В лесных подзолистых почвах содержится много веществ, растворимых в воде. С дождевой водой эти вещества  вымываются, и нередко на дне ручьев в лесу можно видеть рыжий налет.

В перегное чернозема преобладают нерастворимые черные и темно-бурые вещества. Они хорошо склеивают частички почвы, образуя комковую ценную структуру. Перегнойная почва — это почва весьма плодородная. Но при неправильном использовании перегной может достаточно легко разрушаться. К примеру, значительная потеря перегноя может произойти при неоправданно частом рыхлении. При этом в земле быстро размножаются аэробные микробы, которые разрушают перегной. Верхний слой, содержащий перегной нужно поддерживать в меру влажном и рыхлом состоянии, дабы он лучше кормил и поил растения.